1937年7月7日，日本制造卢沟桥事变，发动了全面侵华战争。
1938年日军入侵广州，侵略者的飞机，对广州狂轰滥炸。邓铁涛居住的“河南”，还有西关、黄沙等地方，一次又一次地被日机的重磅炸弹夷为平地，一时间生灵涂炭、百业凋敝。中医专学校和医院所有设施，均在战火中损毁。10月，日军侵占广州，各行各业损失惨重，广州许多药厂遭受掠夺、摧毁，或被日军、日伪强占。当时在永汉路一带的陈李济、橘香斋、保滋堂等企业的厂房、货栈、铺面，有的被炸塌，有的被焚烧殆尽，大部分医药老字号被迫停业或外迁。广州陷入火光血海，没有容身之地，邓铁涛只好与父母一道回开平避难。但开平的碉楼，在飞机大炮面前，也毫无招架之力，安居生存毫无保障。不久，邓铁涛和家人只能和许多难民一样，涌向香港避难。
到了香港后，为了立足谋生，邓铁涛找到了中医专同学康北海。康北海在中环办了一间小学学校，便聘请邓铁涛暂时在他那里教书。当时按照英属香港政府条例，教小学也要接受教育司的考试，因邓铁涛是学医的，就给他发了卫生教员的资格证书。一开始工作只管饭，没有工资，后来是一个月报酬15元港币。老师们都很努力，学校逐渐扩大，再租了一处校舍，成为八桂禺山中学附小。
虽然有了安身之所，糊口生计，邓铁涛仍放不下从医的梦想。他和康北海一商量，没想到一拍即合，便又联合到两位同学，一共4人，创办了一所夜大，叫“南国新中医学院”。第一年，没有钱租校舍，上课场地是向香港文咸东街“南北药材行”借的，水电也由他们捐助供应。学校的学生年龄最大的40多岁，人数最多时只有7名，但几位青年中医教师却十分认真地备课、编写教材。邓铁涛只有20岁出头，为了显得老成持重，特意身穿棉布长衫，脚踏圆口布鞋。办到第二年，他们还租了一间学校的课室作为诊室，以便临证带教。就这样，他们整整坚持了3年，直至香港被日军占领，不得不停止办学。
