1949年，新中国成立，广东中医药专科学校（原广东中医药专门学校，1936年更名）所有资产终于全部物归原主。1950年春，校董会正式委任比邓铁涛早两届的学长罗元恺为广东中医药专科学校校长。1月，邓铁涛受聘广东中医药专科学校，回到了母校任教，7月起，担任教导主任。
十余年斗争锤炼，铸就了邓铁涛锐利的抗争精神。1950年一篇《在一定的政治基础上产生一定的医药组织形式与思想作风》的文章作为中西医卫生从业人员思想改造必读材料，一时间流毒全国。文章认为中医产生于封建社会，是“封建医”，中医只能在农民面前起到精神上的安慰作用，中医是应该被取缔的，暂时没有取缔是因为尚来不及培养出大批有科学水平与经验的新医生，旧医长时期同人民一道生活，与人民有密切的关系，过早地取缔他们，会造成人民的误会，中医应在技术上开训练班，合格者给予“医助”资格等。余云岫等人则在上海故伎重演，新鲜炮制所谓“改造中医方案”，邓铁涛随即撰写批评文章《评所谓“改造中医方案”》，发表于《广东中医药》5月创刊号上，反对以“改造”之名行废中医之事，反对把中医改造成为“医佐”。同时，其积极探索“中医怎样提高一步”的文章在《星群医药月刊》第五期上也正式发表。
作为私立学校，一直到1953年，学校的基本费用仍靠粤港两地中药业支持。1950年，广东省文教厅承认广东中医药专科学校是广州11所大专院校之一，归文教厅领导，并拨给图书补助费及学生助学金，毕业生证书由教育部门盖印颁发。这是该校开办20多年来首次获得政府教育部门正式的承认与支持。由于有了政府和人民团体的支持帮助，学校很快修复被破坏了的校舍，并新建了人体解剖室、微生物寄生虫室、药理室等，教学设备渐趋完善，师生教学工作走上正轨。
然而，1950年5月，教导主任赵思兢呈报的广东中医药专科学校教学大纲草案，转至中南军政委员会卫生部（以下简称中南卫生部）后却遭到某些人反对，并于6月18日批复“勿需培养新中医”。对此，邓铁涛持不同意见，他针尖对麦芒，发出“新中国需要新中医”的呐喊。《新中国需要新中医》全文刊登在《广东中医药》季刊第2期上，坚决对“勿需培养新中医”错误观点提出抗议。文中指出：“新中国在共产党正确领导之下，一切学术只要于人民有益，服务于人民的就一定得到合理的发展。”邓铁涛还指出：“中医科学化的定义，应该是为中国人民最急切的需要，是应该有计划地订出我们共同的学习和行动。而不是教条地钻古籍，去找出肝藏血古说就是今日新说之血凝素说，这种钻牛角尖精神是无价值的。”
新中国成立后，由于多数传统中医师没有学习过西医学尤其是预防医学的相关知识，因此卫生部提出在全国范围内开办中医进修学校。1950年12月和1951年1月，邓铁涛参加了两场重要的座谈会，分别是广州中医教育界的座谈会和广州中医界的座谈会，两次座谈会均有卫生部中层干部参加，邓铁涛负责执笔整理会议纪要，并分别在《广东中医药》《现代医药杂志》公开发表。
中医界座谈会于1951年1月16日上午9时开始，参加者除中南卫生部副部长齐仲恒及省卫生厅有关人士外，中医界有黄耀燊、张景述、梁乃津、司徒铃、谢香浦、谢炜南、邓铁涛、庄省躬等人。齐仲恒赞扬：“中南各省市，以广州的中医比较多一些，也比较先进一些……本市的广东中医药专科学校和广东中医院我看过了，办得也不错，在向前发展中。”他指出：“西医帮助中医更科学化的问题，这不是说中医不科学，而是在20世纪50年代的科学成就中，中医很少运用这些科学成就……中医有数千年的历史，有丰富的经验，但不容易为现代的科学所了解……现在中央已有进修学校帮助中医们去研究科学的医学，这并不等于把中医的东西不要，而是帮助中医打好科学的基础，把中医提高。中南卫生部准备在武汉、广州也设中医进修学校帮助大家发展中医学。”
与会中医基本支持中医进修与成立中医实验医院，但也提出要保持中医特色。
罗元恺说：“广州大部分中医都希望进修，假如需要广东中医专科学校对于进修方面有什么帮助的话，中医学校将尽力帮助，希望政府早一点办进修学校。至于中西医合作研究，本来中医学校一向就是走这个方向。”
梁乃津说：“中医的科学化，并不是书面上的皮毛说说就可以解决的……现在的重点是诊断问题，比方明明中医治好了这个病，而西医说不是这病，转过来说，中医以为治好了某病而实际上却不是的，所以实验医院是需要的。”邓铁涛发言：“西医治病唯物方面是很对的，但有时机械一点。中医是辩证的，但这个辩证法和黑格尔的辩证法一样头下脚上地和唯心论结合起来。所以我们要保留辩证法的理论而抛弃唯心的理论和唯物论结合起来，就成一个好的新的东西。”“中医的文化水平不齐，技能各别，所以不能把一般的全面地去量度。也许有些中医只会治一种或两种病，但有时所治的病却是专家治不好的。还有些在治疗上有一技之长的普通人，也应该是我们研究的帮手。”邓铁涛既感受到来自中央对中医药工作的重视，也体会到中医药事业任重道远。但最重要的是，新中国的成立给走在漫长黑夜里的中医药带来了黎明破晓的晨光，前进的道路逐步展现光明。邓铁涛抑制不住内心的兴奋与热情，他将个人的思考也做了整理，写成《中医当前的任务》一文，发表在1951年第一期《星群医药月刊》上。邓铁涛分析，新中国成立后，有些中医对前途悲观，消极地准备转业，有些年轻人又觉得中医落伍，性急地转学西医，但他们共同之处都是从个人出发。他认为，中医界既要响应政府号召学好细菌学，加强卫生防疫措施，还要“全体中医朝着中医科学化的大路共同进发”，即要以人民最急切的需要为导向，有计划地学习和行动，而不是毫无目的地随波逐流和穿凿附会。1952年12月，广东省中医进修学校正式成立，借用广东中医药专科学校的校舍。1953年2月，广东中医药专科学校董事会一致决定将全部校产和院产献给国家。广东中医药专科学校1953年停止招生，但是没有停止办学，高年级继续完成学习直至1955年7月。1953年8月，广东中医药专科学校正式合并改制为广东省中医进修学校，罗元恺任进修学校副校长，邓铁涛任教务主任。二人针对“中医进修学校不进修中医”的怪现象，开始增添中医学课程。1954年2月，党中央对中医进修工作有了新的指示。当时召开的第三届全国卫生行政会议在决议中提出：“中医进修的主要目的，在于提高政治觉悟和业务水平，进修内容应交流中医临床经验，同时学习一些必要的西医的基础医学知识和政治知识。交流中医临床经验的办法可请名医做报告，相互讲述经验，进行讨论。”中医进修只学西医的现象得到了制止。罗元恺、邓铁涛等原中医药专科学校教职员工，着手为中医进修班重新设计课程。1954年，进修学校试用了多部自编教材，包括《中药学》《中医诊断学》《中医内科学》《中医儿科学》《中医妇科学》《中医外科学》《常见病临床治疗学》《针灸学》《中国医学发展简史》《中医学术研究》等。1956年，国务院正式批复卫生部，同意在北京、上海、广州、成都分别成立四所中医学院，正式把中医教育纳入了国家高等教育系统。《健康报》为此事发表社论：“创办中医学院，是继承和发扬祖国医学遗产，发展我国医学的重要方法之一，是极其重大的历史任务，它将为国家培养出具有一定的马克思列宁主义修养的，体魄健全的，具有教学、研究和医疗工作能力的高级中医人才，使他们在继承与发扬祖国医学遗产和提高我国医学科学水平的伟大任务中，起到重大的作用。”广州中医学院筹备委员会确定办学地址设在广东省中医进修学校内。中医教育真正步入正轨，驶入了快车道，邓铁涛毕生为其呕心沥血，弦歌不辍。1958年4月，广东省中医进修学校正式并入广州中医学院。邓铁涛先后担任医史各家学说、中医诊断学、中医内科学教研工作。1973年9月开始担任广州中医学院教务处副处长。
